Insgesamt elf verschiedene Airbus A320 betrieb CSA von 2005 bis zuletzt, wobei die einzelnen Einheiten immer wieder kamen und gingen. Die A320-214 OK-LEF erhielt nie das überarbeitete Erscheinungsbild des ehemaligen tschechischen Flagcarriers.

Das 80-jährige Bestehen feierte CSA Czech Airlines im Jahr 2003 mit einer Aero A-14 Brandenburg auf der Boeing 737-55S OK-DGL, hier im Anflug auf den Heimatflughafen Prag-Ruzyne.

Auf den Europastrecken ersetzte CSA Czech Airlines ihre Flugzeuge aus sowjetischer Zeit mit Boeing 737-400 und -500. Die Boeing 737-4Y0 OK-WGG war von GE Capital Services gemietet und flog von 1995 bis 2005 für die Tschechische Nationalairline.

Die 1990 als letzte Einheit an CSA ausgelieferte Tu-154M OK-VCG trug bereits ab Werk die erneurte Bemalung mit dem OK Logo auf weissem Heck.

CSA betrieb zwischen 1964 und 1972 insgesamt drei Tupolev Tu-124V, die OK-UEC wurde als dritte Maschine im Juli 1965 direkt ab Werk übernommen. Nach ihrer Zeit bei CSA stand sie ab 1973 für weitere sechs Jahre von Aeroflot als CCCP-45098 im Einsatz, bevor sie 1979 verschrottet wurde.

Bevor CSA eigene Ilyushin Il-62 übernahm, mietete sie in den Jahren 1968 und 1969 insgesamt sechs verschiedene Il-62 bei Aeroflot für jeweils wenige Monate an, darunter auch die CCCP-86666 von Mai bis August 1968.

Die Avia-14 war ein tschechoslowakischer Nachbau der Ilyushin Il-14, bei welchem der Rumpf gegenüber dem sowjetischen Originalmuster um einen Meter verlängert wurde. Die OK-MCP war, wie die meisten Maschinen des Typs bei CSA, eine Avia-14-32A, wobei die "32" für die Anzahl Passagiere stand. Sie wurde Ende Juni 1958 übernommen und stand bis Ende 1974 im Einsatz. Aeroflot betrieb den Prop anschliessend weiter, doch im September 1977 wurde er bei einem Absturz in Vitim/Jakutien zerstört, wobei 39 Menschen ihr Leben verloren.

In den 60er-Jahren waren auch zwei Bristol Britannia 318, die OK-MBA sowie die abgebildete OK-MBB, Teil der Flotte von CSA. Beide Maschinen stammten aus Beständen der Cubana. Eine dritte Maschine wurde zudem von Cubana eingemietet, aber nie im tschechischen Register eingetragen.

Die Tupolev Tu-104A OK-NDF stand vom Februar 1963 bis im April 1974 bei CSA im Einsatz. Heute steht sie relativ gut erhalten im Zruc Airpark nördlich von Pilsen.

Sechs Tupolev Tu-104A standen von Ende der 50er- bis Mitte der 70er-Jahre bei CSA im Einsatz, eine davon war die OK-NDD, welche jedoch ein tragisches Schicksal ereilte, als sie am 1. Juni 1970 bei einem missglückten Landeanflug in Tripolis abstürzte und dabei alle 13 Insassen in den Tod riss.